康熙十九年，清朝平定“三藩”叛乱的战争历时七年，已取得决定性胜利。康熙皇帝在养心殿大宴百官，气氛热烈之际，施琅却起身进奏：国家尚未完全统一，此时庆祝为时尚早。他建议平叛军队全线东移，大兵压境，以解决台湾问题。然而，施琅的奏疏却遭到了朝臣的反对。康熙二十年，台湾局势风云突变。侍卫冯锡范与唐妃互相勾结，在北园别馆制造骨肉相残的惨剧，并挟持年幼的延平王郑克塽，图谋掌控台湾大权。他们持海自固，多次拒绝清廷的招抚与和谈，暗中阴谋“自立乾坤”。在这风雨飘摇之际，年迈的董太妃以一己之力苦撑危局，她凛然宣布：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！”此时，从台湾潜入京城的朱霖与阿鳗，串小巷潜行至施琅府邸，匆匆将一封信交给施世伦后便消失在夜幕中。当晚，两人均被九门提督捕获。次日，午门贴出木榜告示：经刑部审议，明日将斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯大为震惊，决定以内大臣的身份强闯刑场。“台湾奸细案”与“施琅闯入刑场案”瞬间惊动朝野。康熙皇帝发出谕旨，命在刑部审讯施琅，并宣谕贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官。九月五日，施琅被押进刑部大堂，他大声呼喊：“暗通关节者，朝廷确有其人，但不是施琅，而是贝勒奈溚！”随即从怀中掏出书信高声疾呼，这封书信正是两年前贝勒奈溚写给台湾冯锡范的，信中奈溚竟允许台湾自立乾坤。康熙皇帝的突然到来，令刑部大堂上下众人全都惊呆。康熙怒斥道：“谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，以此剑为例！”施琅与奈溚从此结下私仇。此后，内大臣施琅提出“因剿寓抚，以战逼和”的对台方略，得到朝廷重臣李光地等人的支持，康熙皇帝亦十分赏识，遂起用施琅为福建水师提督。施琅提请侍卫吴奇爵同行并陈述理由，康熙皇帝欣然允诺。施琅抵达福建上任，引起了台湾冯锡范自立乾坤的主要追随者洪旭等人的不安与惊恐，他们密议应对之策。数日后，刘国轩出征前往澎湖，准备以战争决一胜负。康熙二十一年三月，施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生了全面分歧。同年八月，康熙皇帝在“御门听政”早朝中，将“进军澎台”的专征权正式交予施琅。出征前夕，施琅将全家十几口少不更事的孩子分派至各条战船，以此昭示破釜沉舟的征战决心。康熙二十二年六月，施琅指挥三百多艘战船，率将领士卒三万余人从铜山港出发，乘南风之势进军澎湖。澎湖决战历经五个时辰的激战，最终以清军大获全胜而告终。澎湖失守、水军覆没，台湾失去天然屏障。延平王召集百官商议台湾去向，百官批驳了“血战到底”的主张与洪旭的“弃岛计划”，认同了刘国轩“议和则保全，再战必覆灭”的观点。年幼的延平王郑克塽在关键时刻果断拍板，由刘国轩负责与清廷议和。八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭。八月十五日，台湾归清的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕了康熙皇帝对台湾归顺的圣诏。八月二十二日，施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然。康熙二十二年十一月，鉴于台湾权力移交已顺利完成，施琅及其船队顺利返回厦门。郑克塽被清廷授予爵位，其亲属亦被授予三品、四品官职，刘国轩则被授予天津总兵。康熙二十三年四月，皇帝下诏，台湾设一府三县，并下令屯兵镇守。施琅继续留任福建水师提督。康熙三十五年二月，施琅病逝，享年七十六岁。