高中生侦探工藤新一在一次追踪黑衣组织非法交易时，不幸被背后的同伙击晕，并被强行灌下神秘毒药。当他醒来时，震惊地发现自己竟缩小成了孩童模样！为了保护身边的人免遭黑衣组织报复，新一在阿笠博士的极力劝说下决定隐姓埋名。在青梅竹马毛利兰来访追问其下落时，情急之下他化名为江户川柯南，并寄宿在小兰家中。阿笠博士为柯南度身打造了一系列间谍道具，而小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探。柯南便籍由跟随小五郎四出办案的契机，暗中追查代号皆为酒名的黑衣组织下落，期盼有朝一日能寻得解药恢复原状。在此期间，柯南结识了步美等小学生伙伴，众人一同组建了少年侦探团。外表看似小孩，智慧却过于常人的小小侦探，向隐藏在黑暗中的罪犯正式宣战！
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