故事承接第一季结尾，里昂依靠前世游戏知识扭转大量原作剧情，一路晋升子爵，可他擅自改动世界线的行为，让这个女尊男卑的乙女游戏世界开始出现规则扭曲、空间异动等异常。夺走原作女主身份的玛丽艾被教会册封为圣女，王国高层忌惮里昂手中古代文明战舰与顶尖战力，以护卫圣女为名，强制将他编入玛丽艾的亲卫队，实则暗中监视、牵制里昂，意图夺取他的古代遗物鲁克西翁。里昂被迫带着奥莉薇亚、安洁莉卡随行护卫，跟随圣女队伍踏上跨国寻宝任务，同行人员中还有作为人质前来交涉的凡欧斯公国公主赫尔楚德。里昂早就看穿这位外表柔弱的公主暗藏野心，她手握魔笛，能够召唤魔物军团，是潜藏的巨大威胁。一行人离开霍尔法特王国，前往理念、制度完全相悖的阿尔泽尔共和国开启留学生篇章，这里男女地位、贵族规则、战力体系和王国截然不同，里昂过往的游戏攻略知识大幅失效，接连遭遇实力远超王国五美男的强敌与政敌，多方势力的算计、两国之间潜藏的战争阴谋接踵而至。玛丽艾依旧满心追逐财富与地位，只顾利用圣女身份攫取资源，完全无视世界崩坏的隐患；里昂一边要应付圣女亲卫队的繁琐公务、化解贵族间无休无止的刁难，一边保护奥莉薇亚与安洁莉卡不被各方势力针对，还要对抗赫尔楚德暗中布置的魔物陷阱。动画同步改编原作玛丽艾平行 IF 支线，展现如果里昂从未出手干预剧情、任由玛丽艾掌控一切的绝望世界线，对比凸显里昂反抗既定命运的意义。随着冒险深入，众人逐步发现，世界扭曲、魔物泛滥、人位秩序失衡的根源，和上古文明覆灭、游戏世界底层设定被篡改息息相关，里昂、鲁克西翁与两位少女伙伴，必须联手打破层层阴谋，阻止世界彻底崩塌。