故事承接第一季学园祭落幕之后，芦屋瑞稀在樱咲男子学园迎来第二年寄宿生活，她依旧隐藏女生身份，和室友佐野泉、好友中津秀一朝夕相伴。佐野逐渐放下过往心结，重新投入跳高训练，脸上多出不少笑容，他对朝夕相处的瑞稀暗藏说不清的心动，却始终没能看穿对方的真实性别；中津完全不知瑞稀是女孩，深陷对 “同性友人” 的好感，训练赛上只要看见瑞稀的加油就频频分心，甚至迎来外校女生的告白，陷入自我纠结的情绪里，三人之间暧昧拉扯的三角关系成为本季核心主线。动画完整改编原作高人气篇章，包含全员外出修学旅行、校园夜间舞会两大重头戏。修学旅行途中众人同住温泉民宿，狭小的住宿空间不断制造身份暴露危机，瑞稀一边小心翼翼遮掩身形与习惯，一边默默照顾训练疲惫的佐野，中津则不停在意两人亲近的互动，闹出大量哭笑不得的误会。舞会篇章里各校男女校联动联谊，女校学生大批到访樱咲学园，瑞稀被迫混在男生之中应对搭讪，佐野下意识挡在她身前护着她，隐晦流露占有欲。新登场角色带来全新故事线，佐野的弟弟佐野森前来学园探望兄长，敏锐察觉到瑞稀身上违和的气质，屡次试探她的真实身份；梅田老师的后辈、自由摄影师原秋叶入校拍摄校园纪实，镜头捕捉到瑞稀不经意流露的女生神态，暗中留意这个与众不同的少年。难波南、中央千里等宿舍好友全程围观三人的微妙氛围，时常主动起哄、制造独处机会，热闹的宿舍日常冲淡身份秘密带来的紧绷感。随着相处不断加深，佐野愈发确认自己对瑞稀的特殊心意，开始怀疑眼前人的性别；中津直面内心，认清自己早已无法放下瑞稀，三人之间平衡的相处模式慢慢出现裂痕。全片没有激烈冲突，聚焦少年少女藏在心底的暗恋、无法言说的秘密与纯粹的校园友情，在一次次出游、社团训练、夜间闲谈中细腻描摹青春期克制又汹涌的心动，同时铺垫瑞稀身份险些曝光的多重危机，让平淡日常始终带着心跳感。