原作：XEBEC　总监督：能户隆　监督：羽原信义 系列构成：冲方丁　角色设计：平井久司 机械设计：鹫尾直广　道具设计：白井瑠子　色彩设定：关本美津子 故事发生在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的两年后。曾经，主人公真壁一骑与皆城总士居住的龙宫岛，原本是一座和平宁静的小岛，直到那句“你在那里吗？”的声音从苍穹传来，未知的生命体Festum骤然降临。一骑等人得知，早在29年前，日本列岛便因Festum的侵略而从地球版图上消失。原以为生活在和平年代的一骑等人，被动卷入了人类与Festum的存亡之战，驾驶着专为对抗Festum读心能力而开发的最终兵器“法芙娜”，在凄绝的战火中不断前行。 在剧场版的故事之后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也为岛屿带来了全新的可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行着战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。时光流转，2年后的龙宫岛获得了更进一步的进化。 2150年6月25日，在残存人类极少的生存圈，夏威夷岛遭到Festum的袭击。新联合国下达交战规定Alpha命令，将岛连同生存者一起烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名被Festum守护着的少女。一年后，龙宫岛度过着与以前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛再次从世界中消失，一骑等人也走下法芙娜，将后辈广登等人作为防卫的重点。然而，随着一架人类军输送机造访岛上，他们再度被卷入战争！ 为了救援被Festum追赶的人类军输送机，法芙娜准备出击。这是时隔两年的战争。广登、里奈、晖、芹以及真矢五台机体迎战人面狮身型敌人。法芙娜部队在战斗中逐渐取得优势，但累积了经验的敌人学得了新的战斗方法，战况不久便从优势转为劣势，驾驶员们因敌人前所未见的战法而陷入困惑。此时，意想不到的增援与他们会合，开始援护广登等人。 抵达龙宫岛的光弘等人类军驾驶员造访了品茶乐。而在命运齿轮再次转动之际，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当这两人相遇之时，新世界的门将打开……