过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与七骑英灵参加的“圣杯战争”。然而，趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯——数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会并宣布独立。愤怒的魔术协会为了夺回圣杯派遣了刺客，但他们却遭到了千界树一族召唤出的Servant的迎击与反击。以此为开端，原本的规则被彻底打破，演变成了史无前例的十四骑从者大混战。在这场围绕“万能许愿机”展开的超壮大圣杯战争中，红黑两阵营的魔术师与英灵们将展开殊死搏斗，而被卷入命运漩涡的少年齐格，也将在这个战火纷飞的世界中，探寻自己生存的意义与正义的所在。
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