《神盾局特工》第六季是漫威与ABC电视台合作的真人科幻动作剧集。本季共13集，故事时间线设定在《复仇者联盟4》之后，于夏季正式播出。随着复仇者联盟及影响深远的纽约之战落幕，外星人与超能力者的存在不再是坊间传闻，世界格局面临重新洗牌，神盾局也随之遭遇前所未有的挑战。在局长菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格 饰）逝世一年后，麦克接替局长职务，带领神盾局展开重建与招募工作。与此同时，世界各地频发神秘能量异常波动现象。在一次异常事件中，三名外来者试图通过传送门穿越至地球，但其中一名男子因传送门失效而惨死嵌于混凝土墙中。在浩瀚的外太空，黛西（科洛·本内特 饰）、洁玛、派珀和戴维斯四人驾驶飞船正竭力搜寻菲兹的踪迹。一年前，菲兹在伊诺克陪伴下进入冬眠舱，但其所在的宇宙飞船却突遭大型飞船袭击，两人自此下落不明。四人追寻线索至以燃料交易闻名的德瑞林星，却只找到空无一人的冬眠舱。在寻觅无果之际，她们意外遭遇一艘隶属银河联盟的太空驱逐舰，急于寻夫的洁玛力排众议，输入冬眠舱来源地的坐标带领众人集体传送，继续追寻菲兹的下落。而此时的菲兹，正身处宇宙某处伪装成外星人靠帮人维修维生。地球这边，梅琳达·梅（温明娜 饰）与麦克招募了前教授马库斯·班森协助创立新的神盾局学院，并请他帮忙调查能量异常事件。班森在死去的的外来者尸体上发现了一个标注坐标的仪器，麦克据此判断那是敌方的下一个行动地点，遂派梅的小队前往现场拦截。然而，小队最终未能阻止敌方炸毁一间博物馆，爆炸产生的能量为敌方领袖“中士”打开了穿越至地球的通路。中士驾驶一辆行动货车现身并救走同伴，令人震惊的是，他的长相竟然与已故的科尔森探员一模一样。神盾局特工们以一己凡人之力，再次被卷入这场疑云重重的危机之中，投入到各种匪夷所思的危险调查里，迎接未知的命运挑战。