《十二猴子》第二季延续了同名经典科幻电影的核心设定，将悬疑、惊悚与时空冒险元素推向了全新的高度。男主角詹姆斯·科尔（亚伦·斯坦福 饰）再次肩负起拯救全人类的重任，穿梭于过去与未来之间，试图阻止“12只猴子军”研制并释放致命病毒，以挽救日后因病惨死的大部分人类。 随着剧情的深入，故事情节完全区别于电影版，展现出独属于剧版的庞大叙事野心。在这一季中，时间线的变动引发了难以预料的连锁反应。瑞丽穿越而来奉命杀死关键人物詹妮弗，但科尔选择以真情打动她，促使其交出病毒并予以销毁，未来世界随之发生剧变。然而，新未来仍旧未能逃脱灭世病毒的阴影，琼斯认为是有“信使”穿越回过去制造了这场瘟疫。 时空的错乱将科尔与詹妮弗引向了2016年的艾默生酒店，在那里他们惊觉科尔竟曾在1944年买下了这间房间。与此同时，詹妮弗受到神秘的精神操控，似乎拥有了预知科尔未来的能力；而在未来的时间线里，拉姆齐发现了儿子依然存活的真相，琼斯则遭遇了女儿军团的绑架。 诡谲多变的命运齿轮已然转动，科尔能否在错综复杂的时间迷宫中查明病毒真相，彻底扭转人类覆灭的结局？一场惊心动魄的时空博弈正在拉开帷幕。