《十三格格新传》由真实历史改编而成，讲述清朝末年北洋水师大败之后，惊惶失措的慈禧太后紧急召回留洋多年的十三格格辅佐政务。十三格格学以致用，凭借过人的智慧巧妙周旋于各种旧势力之间，虽几经风险，终得全身而退。北洋水师兵败之际，慈禧急召十三格格回宫理政。十三格格向慈禧献上铁路图，恭亲王奕欣遂举荐铁路专家张海生辅佐其修建样板铁路。然而，修路过程举步维艰：玄亲王带头抗拆，李莲英三弟亦借机私搭乱盖骗取补偿款。面对重重阻碍，十三格格亲赴第一线调查取证，指挥若定，终将此辈制服。不久，慈禧之弟、隆裕之父桂祥借给百姓钉门牌之名横征暴敛，激起民变。十三格格闻讯大义灭亲，将其依法严办。在同心协力的合作中，十三格格与张海生逐渐暗生情愫。然而，深爱十三格格的七贝勒因爱生狂，乃至贻误军机，被慈禧贬至东陵守陵。后在十三格格的劝告下，慈禧决定与皇帝同祭东陵，以示帝后和睦。不料，李莲英管家将此消息出卖给匪徒，沿路设伏狙击慈禧。千钧一发之际，幸得七贝勒飞身相救。最终匪徒被剿灭，七贝勒却不幸殒命。一年后，十三格格挽着张海生，在七贝勒坟前静静祭拜。