远古时期，黄帝战败群魔，战斗中震裂成两截的宝剑化作剑气，剑气又化为朝云和暮云。彼时，人间一对朝云、暮云兄弟诞生，却因战乱自幼失散。成年后，朝云成为飞羽军勇士，暮云则是铜雀军白衣尊者，双方各为其主互不知情。铜雀军将领淳于越暴虐无道，滥杀无辜，时常侵掠；飞羽军为保境安民，与铜雀军常有征战，朝云和暮云也在战场上刀兵相见。随着朝云逐渐知晓真相，他努力在兄弟亲情的感召下救暮云于危难之中。朝云眼见战争导致民不聊生，痛心疾首，誓要还百姓安居之地。在部族少女耶亚希的帮助下，他们历尽艰险，克服种种困难，找到了象征正义的黄帝剑及精神力量，坚定了心中战胜邪恶、保卫和平的信念。宿命纠缠中，朝云与暮云迎来决战。朝云胜而暮云败，轩辕剑气二合为一。朝云感受到了身为轩辕剑所要完成的一个夙愿，为了替弟弟完成这个愿望，他毅然前往山海界。最终兄弟同心，联手打败暴虐的淳于越，飞羽铜雀化剑为犁，消弭了战火，保一方黎民平安。剑的传说，绵延永恒。