故事发生在近未来的日本，一座名为“疏濑”的平凡城市里。市民们日复一日地过着波澜不惊的生活，唯独城市一隅的山冈上，耸立着一座由医疗机器制造厂建造、外形酷似熨斗的奇异工厂。每天到了固定的时刻，这座工厂都会如同刚熨烫完衣物一般，向天空中喷吐出大量的蒸汽。 小学六年级的少年直太，与高中生女孩真见美——也就是直太那位远赴海外的哥哥的留洋女友——常常在河边百无聊赖地打发着时间。原本以为这般枯燥却安宁的日子会一直持续下去，直到传说中那个骑着机车的“蜜蜂女”晴子，驾驶着狂飙的电动车将直太撞了个正着，一切才被彻底打破。 这场离奇的相撞不仅让直太失去了知觉，当他被晴子用诡异的“人工呼吸”救醒后，紧接着又遭到了一把重型吉他迎头重击。这两下猛烈的开场白，直接拉开了这场荒诞故事的帷幕——直太的头上竟然长出了奇怪的角！ 更令人匪夷所思的是，晴子居然顺理成章地作为女佣住进了直太家。她那不可告人的秘密，以及口中时常神秘念叨的“FLCL”（特别的她）的真正含义，如同投入平静湖面的巨石，令直太那原本一成不变的生活发生了天翻地覆的改变。一场交织着青春悸动与超现实科幻的疯狂冒险，就此轰然拉开序幕。