夏亚的反叛（第二次新吉翁战争）12年后，宇宙世纪0105年（U.C.0105）。
一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织，开始以暗杀政府高官的激烈手段，对抗强权统治的地球联邦政府。
该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。
在此期间，神秘少女琪琪·安达露西亚展现出超常的奇异力量，其隐晦的言语不仅捉弄着哈萨维，更唤醒了他深埋内心的过往创伤。
尽管被少女的话语所动摇，哈萨维仍决意为袭击阿德莱德会议做准备，誓要实现马夫蒂的目标，并让过去的阴影得以安息。
与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格正部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划，此时，刑事警察机构的汉德利·约克森向他提出了一项秘密提案。
当哈萨维与凯奈斯各自为实现目标而展开行动时，琪琪亦为了履行自身的使命，踏上了前往香港的旅程。
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